อิคาริ ชินจิ ใน EVA 3.0
ชะตากรรมของชินจิในภาคนี้นับได้ว่าเลวร้ายสุดๆที่ต่อให้เป็นใครก็คงไม่สามารถดำรงซึ่งความอดทนอดกลั้นไว้ได้ เขาถูกตราหน้าให้เป็นตัวการของ 3rd Impact อัตราซิงโครเป็น 0 จนไม่สามารถขับเอวาได้อีก ถูกมิซาโตะผู้ซึ่งเคยโอบอุ้มเขามาตลอดปฏิบัติด้วยอย่างเย็นชาและแสนโหดร้าย ถูกจับใส่ปลอกคอที่พร้อมจะระเบิดได้ทุกเมื่อ อุตส่าห์ดีใจที่ได้พบกับอาสึกะที่คิดว่าตัวเองเป็นคนฆ่าไปแล้วแต่ก็กลับได้รับท่าทีที่เย็นชาสุดๆกลับมา แถมเมื่อเขาถามหาเรย์ที่เขาคิดว่าช่วยออกมาได้แล้ว กลับได้รับคำตอบว่าเรย์ไม่มีตัวตนอยู่บนโลกนี้อีกต่อไปแล้ว
ชินจิที่สับสนกับท่าทีของคนรอบตัวที่ปฏิบัติกับเขา เมื่อเขาได้ยินเสียงเรียกของเรย์ดังขึ้นมาในหัว จึงได้ตัดสินใจหนีออกจาก Wille ไปพร้อมกับ Eva-09 ที่มีเรย์เป็นคนขับ ซึ่งเรย์ก็ได้พบเขาไปยังฐานทัพ Nerv ที่ปัจจุบันกลายสภาพเป็นซากปรักหักพัง เมื่อไปถึงที่นั่น เก็นโดก็ได้ออกคำสั่งกับเขาให้ขึ้นขับ Eva-13 กับนักบินอีกคน โดยไม่อธิบายอะไรใดๆทังสิ้น
ชินจิที่คิดว่าเรย์เป็นที่พึ่งทางจิตใจของเขาเพียงสิ่งเดียวในตอนนี้ จึงได้พยายามที่จะใกล้ชิดกับเธอให้มากขึ้น แต่ผลปรากฎว่าเธอกลับจำอะไรเกี่ยวกับเรื่องผ่านมาไม่ได้เลย ชินจิพยายามที่จะเอาหนังสือที่เรย์เคยชอบอ่านมาให้แต่เธอก็กลับมีท่าทีที่งุนงง ไม่ว่าเขาจะชวนเธอพูดคุยเรื่องอะไรก็ไม่เคยได้รับคำตอบอะไรเป็นชิ้นเป็นอันเลย สุดท้ายเขาก็หมดความพยายามในที่สุด
เมื่อเขาค้นพบความจริงว่าเรย์คนที่เขาเห็นอยู่นี้ไม่ใช่เรย์คนที่เขาเคยรู้จักและช่วยเหลือออกมา ชินจิก็ตกอยู่ในสภาะจิตตกจนถึงขีดสุด เขาต้องถูกแรงกกดดันจากคำพูดของคนรอบตัวทำให้สับสนอีกครั้ง มิซาโตะที่สั่งไม่ให้เขาทำอะไรอีกทั้งสิ้น อาสึกะที่ไม่ยอมบอกเรื่องราวอะไรกับเขา ซากุระที่ขอร้องไม่ให้เขาขึ้นขับเอวาอีก เก็นโดที่สั่งให้เขาขึ้นขับ Eva-13 เรย์ที่ไม่รู้อะไรเลยแม้แต่อย่างเดียว ประโยคถ้อยคำของทุกคนผสมปนเปกันไปหมด ชินจิที่สับสนจนไม่รู้จะเดินไปทางไหน ถึงกับต้องกีดร้องลั่นรากับคนเสียสติ
แต่ในช่วงที่เขาโศกเศร้าจนถึงขีดสุด ชินจิก็ได้พบกับเด็กหนุ่มปริศนา นางิสะ คาโอรุ ผู้ที่จะมาเป็นนักบินร่วมกับเขา คาโอรุได้สอนให้ชินจิเล่นเปียโน พาเขาไปประจักษ์ถึงผลพวงของสิ่งที่เขาทำลงไปเมื่อ 14 ปีก่อน ชินจิที่ไร้ที่พึ่งทางใจจนหมดสิ้นก็ได้ค่อยๆเปิดรับความจริงใจและอ่อนโยนของคาโอรุเข้ามาจนทั้งสองสนิทชิดเชื้อกันด้วยความรวดเร็ว คาโอรุบอกว่าเขาสามารถเปลี่ยนแปลงแก้ไขให้กลับไปเหมือนอย่างเดิมได้อีกครั้งด้วยการขับ Eva-13 ไปดึงเอาหอก 2 เล่มที่ถูกปักเอาไว้บนลิลิธ ชินจิที่ต้องการไถ่บาปที่ตัวเองก่อเอาไว้จึงได้ตัดสินใจขึ้นขับ Eva-13 ทันที
สุดท้ายชินจิก็สามารถดึงเอาหอกออกจากลิลิธได้สำเร็จแม้จะมีอาสึกะกับมาริมาขัดขวาง แต่กลับกลายเป็นว่าเป็นกับดักของเก็นโดที่แอบเอาหอกลองกินุสมาปักเอาไว้ทั้งสอง 2 เล่ม แทนที่อีกเล่มจะเป็นหอกแคสสิอุสตามที่คาโอรุตั้งใจไว้ สุดท้ายชินจิก็ได้ทำเรื่องเลวร้ายอีกครั้ง 4th Impact ได้เริ่มตึ้นขึ้นแล้ว แม้สุดท้ายคาโอรุก็ยอมสละชีวิตตัวเองเพื่อหยุดยั้ง 4th Impact เอาไว้ได้แต่ก็กลายเป็นว่าชินจิได้ทำสิ่งที่ผิดพลาดอย่างร้ายแรงจนเป็นเหตุให้คาโอรุต้องจบชีวิตต่อหน้าต่อหน้า ทำให้ชินจิตกอยู่ในสภาพหมดอาลัยตายอยากกับชีวิตโดยสมบูรณ์ สุดท้ายอาสึกะจึงต้องเป็นคนมาช่วยพาตัวเขาออกจากเอนทรี่ปลั๊ก ก่อนที่จะจูงมือเขาเพื่อเดินทางข้ามผ่านทะเลทราบสีแดงร่วมกันพร้อมกับเรย์